Uma organização secreta do governo, a DATS, tem a missão de capturar Digimon que apareçam no Mundo Real e devolve-los ao Mundo Digital. Mas, o passado escondeu coisas terríveis, incluindo a justificação do ódio que os Digimon sentem pelos Humanos.
Esta série foi lançada 4 anos depois de Digimon Fronteira, tendo sido elevada no visual.